Скиллы
1. PubMed
Поиск научных статей в базе NCBI. Фильтры по годам, типу публикации (обзор, клинические испытания), MeSH-терминам.
Тестовые промпты:
- Найди свежие статьи (2023–2025) о нейропротекторной роли коротких пептидов при болезни Альцгеймера
- Есть ли публикации, где пептид HAEE (His-Ala-Glu-Glu) упоминается напрямую?
- Найди обзоры о роли Mg²⁺ в блокировке NMDA-рецептора — что известно о сайтах связывания?
2. UniProt
Получение информации о белках: последовательность, домены, функциональные сайты, PTM, мутации, изоформы.
Тестовые промпты:
- Какие функциональные домены есть у GluN1 (Q05586) и где расположен сайт связывания магния?
- Покажи полную последовательность P2Y11 (Q96G91) и его трансмембранные регионы
- Найди все человеческие белки, содержащие HAEE-мотив в последовательности
3. AlphaFold DB
Предсказанные 3D-структуры белков от EBI. Получение PDB-файлов, ссылок на Mol*-viewer, метрика pLDDT.
Тестовые промпты:
- Покажи структуру GluN2B (Q13224) — какой у неё pLDDT и где самые ненадёжные регионы?
- Скачай PDB GluN1 и скажи, сколько атомов в структуре
- Сравни pLDDT у GluN1, GluN2A и GluN2B — чья структура предсказана надёжнее?
4. STRING DB
Белок-белковые взаимодействия, построение сетей, функциональное обогащение (GO/KEGG enrichment).
Тестовые промпты:
- Кто из белков больше всего взаимодействует с GRIN1? Покажи топ-10 партнёров со score
- Построй картинку сети взаимодействий для комплекса GRIN1 + GRIN2A + GRIN2B + DLG4
- Сделай GO enrichment для GRIN1, P2RY11 и CALM1 вместе — какие биологические процессы выделяются?
5. KEGG
Метаболические и сигнальные пути. Поиск по генам и ключевым словам, детали состава пути.
Тестовые промпты:
- В каких KEGG-путях участвует GRIN1 — сколько их и какие самые релевантные для HAEE?
- Покажи детали пути hsa04724 (Glutamatergic synapse) — какие гены входят?
- Найди пути, связанные с кальциевой сигнализацией, и покажи пересечение с NMDA-рецептором
6. Mol* Viewer
Создание интерактивных HTML-страниц для 3D-визуализации молекул по PDB ID или локальному файлу.
Тестовые промпты:
- Создай интерактивный 3D-viewer для NMDA-рецептора (PDB: 7EU7) и дай ссылку
- Сделай HTML-визуализацию структуры MRS2 из локального PDB-файла
- Создай viewer для GluN1 с подсвеченными остатками Asn616 и Asn650 (сайт Mg²⁺)
7. Hypothesis
Генерация, сохранение и управление научными гипотезами в структурированном JSON-формате.
Тестовые промпты:
- Сформулируй и сохрани гипотезу о том, как HAEE влияет на mPTP через MRS2
- Покажи список всех текущих гипотез проекта HAEE
- На основе данных STRING и PubMed сгенерируй новую гипотезу о роли PSD-95 в механизме HAEE
Установленное научное ПО
8. PyMOL 2.5.0
3D-визуализация молекулярных структур, рендер PNG и GIF, PML-скрипты, подготовка иллюстраций для статей.
Тестовые промпты:
- Нарисуй PNG структуры GluN1 с выделенными остатками сайта связывания Mg²⁺ (Asn616, Asn650)
- Создай GIF вращения HAEE-пептида, докированного в поре NMDA
- Покрась структуру MRS2 по гидрофобности и сохрани изображение
9. GROMACS 2023.3
Молекулярная динамика. Симуляция комплексов белок–лиганд, расчёт RMSD/RMSF, водородных связей, свободной энергии (MM-PBSA).
Тестовые промпты:
- Запусти минимизацию энергии для комплекса HAEE + GluN1 из файла NMDA_HAEE.pdb
- Рассчитай RMSD пептида HAEE за время траектории — стабилен ли комплекс?
- Посчитай количество водородных связей между HAEE и белком по траектории
10. BLAST 2.12.0+
Поиск последовательностных гомологов в базах NCBI. Сравнение белков, поиск консервативных мотивов.
Тестовые промпты:
- Найди гомологи HAEE-мотива (His-Ala-Glu-Glu) в протеоме человека
- Есть ли белки с повторяющимся HAEE-мотивом среди митохондриальных белков?
- Поищи последовательности, схожие с N-концом GluN1 (первые 50 а.к.) у других видов
11. RDKit 2025.09.6
Хемоинформатика на Python. Расчёт молекулярных свойств (MW, LogP, TPSA), правило Липинского, 2D-структуры.
Тестовые промпты:
- Рассчитай молекулярный вес, LogP и TPSA для HAEE
- Проверь правило Липинского для HAEE — проходит ли как потенциальное лекарство?
- Нарисуй 2D-структуру пептида HAEE и сохрани как PNG
12. MAFFT v7.505
Множественное выравнивание аминокислотных и нуклеотидных последовательностей.
Тестовые промпты:
- Выровняй последовательности GluN1, GluN2A, GluN2B — найди консервативные регионы в трансмембранном домене
- Сравни HAEE-мотив с EVHH-мотивом амилоида через выравнивание
- Найди эволюционно консервативные остатки в сайте Mg²⁺ NMDA у человека, мыши и крысы
13. ClustalW 2.1
Классический инструмент множественного выравнивания последовательностей. Вывод в Clustal и Phylip форматах.
Тестовые промпты:
- Выровняй все субъединицы NMDA-рецептора (GluN1, GluN2A–D, GluN3A–B) и найди уникальные регионы GluN1
- Сравни последовательности MRS2 у человека и мыши — насколько они идентичны?
- Построй выравнивание P2Y-рецепторов (P2Y1, P2Y2, P2Y11, P2Y12) в трансмембранных доменах
14. FastTree 2.1.11
Быстрое построение филогенетических деревьев по выравниванию последовательностей.
Тестовые промпты:
- Построй филогенетическое дерево для субъединиц NMDA-рецептора у человека, мыши и крысы
- Как эволюционно далеко P2Y11 стоит от P2Y1, P2Y2, P2Y12?
- Построй дерево для MRS2-подобных белков в митохондриях у разных организмов
15. Biopython 1.87
Парсинг FASTA/PDB, работа с последовательностями, расчёт биохимических свойств.
Тестовые промпты:
- Разбери PDB 7EU7 и выдай список всех остатков в радиусе 5 Å от центра поры канала
- Рассчитай изоэлектрическую точку и заряд HAEE при pH 7.4
- Найди все вхождения HAEE-мотива в последовательности GluN1 и укажи их позиции
16. Matplotlib 3.10.8
Построение научных графиков: линейные, scatter, гистограммы, тепловые карты.
Тестовые промпты:
- Построй график зависимости pLDDT от позиции в последовательности GluN1
- Нарисуй диаграмму рассеяния: ΔG докинга vs площадь контакта для HAEE с разными белками
- Построй тепловую карту идентичности последовательностей субъединиц NMDA-рецептора
17. SciPy 1.17.1
Научные вычисления: статистика, оптимизация, обработка сигналов, кластеризация.
Тестовые промпты:
- Рассчитай статистику по данным RMSD из МД симуляции и построй гистограмму с нормальным распределением
- Проведи кластеризацию поз докинга HAEE по RMSD — сколько кластеров и какой самый населённый?
- Рассчитай корреляцию Пирсона между pLDDT и флуктуациями RMSF для GluN1
Molecular AI Assistant